Końcem 1942 roku pułk Kampfgeschwader 26 został skoncentrowany w obszarze Morza Śródziemnego, gdzie przez cały kolejny rok jego zadaniem było zwalczanie za pomocą uzbrojenia torpedowego alianckich konwojów pływających wzdłuż afrykańskiego wybrzeża. Zadania bombowe na tym obszarze wykonywały natomiast dwa dywizjony pułku KG 100. Pozostałe jednostki bombowców He 111 operowały nad frontem wschodnim, wiosną 1943 roku przeprowadzając niezwykle skuteczną ofensywę wymierzoną przeciwko radzieckim przemysłowym zakładom zbrojeniowym położonym na linii rzeki Wołga. Kolejnym ich zadaniem było wsparcie ofensywy na łuku kurskim, a w następnych tygodniach operacje przeciwko związkom taktycznym Armii Czerwonej, dokonującym nieustannych ataków na całym południowym skrzydle frontu, od Orła po Kercz.
Od kwietnia 1942 roku w obszarze Morza Śródziemnego działał dywizjon II./KG 100, operujący z lotnisk Ateny i Kalamaki, skąd w porze nocnej prowadził naloty na cele w Libii i Egipcie. Od maja do października 1942 roku jednostka straciła na skutek przeciwdziałania przeciwnika 23 He 111H-6 i 13 bez jego udziału. O ile kilka pierwszych strat było spowodowanych działaniem artylerii przeciwlotniczej, o tyle od lipca dużym problemem stały się nocne myśliwce Beaufighter. Nocą z 6 na 7 lipca F/L C.G. Clegg zestrzelił nad Suezem dwie maszyny z 4. Staffel, a dwie noce później załogi tego samego 46. Sqn kolejne dwa Heinkle. Łupem Beaufighterów samoloty II./KG 100 padły jeszcze 27 lipca, 1, 3 i 27 sierpnia, 3 i 26 września, podczas gdy 29 września jedna z załóg lądowała przymusowo w Turcji.
Krótko po powrocie specjalizującej się w atakach torpedowych eskadry 6./KG 26 z Morza Czarnego na Śródziemne jej samoloty wzięły udział w operacji przeciwko idącemu na Maltę silnie bronionego konwojowi Pedestal. 12 sierpnia zatopiły brytyjskie frachtowce Clan Ferguson (7347 BRT) i Deucalion (7516) oraz uszkodziły trafieniem w dziób Brisbane Star (12 80 BRT), który dopłynął jednak do celu.
We wrześniu do 6. Staffel dołączyły pozostałe dwie eskadry dywizjonu II./KG 26. Dywizjon starał się niepokoić aliancką żeglugę na Morzu Czerwonym, a pierwszym sukcesem było storpedowanie i uszkodzenie 25 września szwedzkiego frachtowca Karlshamn (3875 BRT). Z kolei 19 października sześć samolotów wysłano nad Morze Czerwone, a rezultatem wypadu było zatopienie brytyjskiego tankowca Scalaria (5700 BRT). Podobna akcja przeprowadzona przez pięć maszyn nocą z 29 na 30 września zakończyła się wodowaniem trzech z nich w rejonie Mersa Matruh, przy czym załogi zdołano uratować.
W listopadzie w akcjach zaopatrzeniowych na rzecz walczących w Afryce niemieckich związków taktycznych brały udział załogi przybyłego w obszar Morza Śródziemnego z frontu wschodniego dywizjonu III./KG 4. 15 listopada stacjonująca w Grecji jego 9. Staffel straciła maszynę zestrzeloną przez S/L B. Drake’a ze 112. Sqn. Dwa dni później nad afrykańskim lotniskiem Benina myśliwce Kittyhawk z 250. Sqn zestrzeliły trzy kolejne maszyny tej Staffel spośród 13, które przewoziły beczki z paliwem, podczas gdy w locie z Sycylii do Bengazi zaginął samolot z 6./KG 26. Kilka innych uszkodzonych maszyn III./KG 4 zostało zniszczonych w czasie odwrotu wojsk Osi, w tym trzy 14 listopada na lotnisku Derna.