Samolot bombowy Heinkel He 111 w służbie pułków bombowych Luftwaffe dotrwał do końca II wojny światowej, choć od września 1944 roku na skutek niekorzystnej sytuacji strategicznej, działania bojowe wyposażonych w nie jednostek były zdecydowanie mniej intensywne. Niespodziewanie w tym czasie Heinkle powróciły do ataków na Anglię, co stało się możliwe za sprawą uzbrojenia ich w bomby latające V-1. Na froncie wschodnim zaś maszyny tego typu odgrywały dużą rolę w zaopatrywaniu wojsk odciętych od własnych linii, a w ostatniej fazie wojny tzw. miast twierdz.
Rok 1944 na froncie zachodnim
Wiosną i latem 1944 roku spora liczba samolotów He 111 padła ofiarą alianckich bombardowań niemieckich lotnisk oraz ataków na nie, realizowanych przez myśliwce. Incydentalnie maszyny tego typu padały również łupem alianckich myśliwców. Wieczorem 26 lutego 1944 roku para Mosquito FB.VI pilotowanych przez F//L H.D. Cevelanda i F/L C.C Scherfa z 418. Sqn odniosła absolutnie unikalne zwycięstwo, zespołowo zestrzeliwując nad francuskim lotniskiem Tauvax dwukadłubowego He 111Z Zwilling Wk.Nr 2704oraz po jednym z dwóch holowanych przez niego szybowców desantowych Gotha Go 242. Maszyny należały do dywizjonu IV./LLG 2, a trzech członków załogi Heinkla zostało rannych, podczas gdy w szybowcach rannych zostało czterech Niemców, a jeden zginął. Z kolei 6 marca w czasie amerykańskiego nalotu na Berlin w zestrzelonym bombowcu He 111H zginęła cała pięcioosobowa załoga Fw. Hohfella, a 30 czerwca pilotujący Mosquito F/O Chown z 515. Sqn RAF zestrzelił nad Szlezwikiem–Holsztynem dwa szkolne He 111E z 13./Flg.Ziel.G 1.
W czerwcu 1944 roku na front zachodni został przebazowany dywizjon TGr 30, którego zadaniem było zrzucanie zaopatrzenia dla odciętego garnizonu w Cherbourgu. Nocami od 20 do 30 czerwca dostarczono w ten sposób w sumie 188 ton. Później zasilano w ten sposób także garnizony w St. Malo, Breście, St. Naziere, Lorient i La Rochelle. W okresie czerwiec–sierpień jednostka odnotowała utratę 22 samolotów na skutek działań przeciwnika oraz pięciu bez jego udziału. 22 sierpnia Thunderbolty z 358. FG zestrzeliły dwa Heinkle z TGr 30. W grudniu dywizjon zrzucał zaopatrzenie dla spadochroniarzy biorących udział w ofensywie w Ardenach. W tym miesiącu jednostka odnotowała stratę 22 samolotów, w tym 11 bez udziału przeciwnika. Nocne operacje zaopatrywania odizolowanych garnizonów broniących się we Francji kontynuowano do końca wojny. 13 kwietnia 1945 roku w czasie lotu nad portowe miasto La Rochelle w zachodniej Francji zginął dowodzący jednostką Oberstltn. Heinz Klamke.
W ramach wycofania z frontu wschodniego pułk KG 53 został końcem lipca przeniesiony do Niemiec. W drugiej połowie sierpniu uczestniczył w ostatniej fazie walk w Normandii, zrzucając w porze nocnej zaopatrzenie dla formacji niemieckich wojsk lądowych odciętych od sił głównych lub wycofujących się na wschód. 28 sierpnia maszyny z II./KG 53 przebazowywane z lotniska Etain-Roouvres do Babenhausen natknęły się na Mustangi z 353. FG i Thunderbolty z 56. FG. Amerykanie odnotowali zestrzelenie siedmiu Heinkli i dwóch Junkersów. Niemcy stracili siedem He 111H-20, z których dwa lądowały na brzuchu, oraz Ju 188 z 2./KG 6.
Z kolei pułki KG 27 i KG 55 zostały wycofane z frontu wschodniego do Austrii i Niemiec, gdzie przemianowano je odpowiednio na KG(J) 27 i KG(J) 55, rozpoczynając przeszkalanie części załóg na tłokowe samoloty myśliwskie.
We wrześniu rozwiązano stacjonujący do tej pory we Francji dywizjon transportowy I./LLG 2. Z kolei samoloty i załogi pułku KG 4 skierowano do zadań transportowych, podobnie jak eskadry 14.(Eis)/KG 27 i 14.(Eis)/KG 55.
Ostatni „blitz”
Wiosną 1944 roku dywizjon III./KG 3, używający jak dotąd samolotów Ju 88A i walczący na froncie wschodnim, został przezbrojony na bombowce He 111H-16 dostosowane w warsztatach Lufthansy do przenoszenia na wyrzutnikach PVC 1006 bomb latających V-1. W ten sposób przestarzały wówczas He 111 stał się pierwszym operacyjnym bombowcem na świecie, który otrzymał tzw. długie ręce w postaci pocisków skrzydlatych, umożliwiających atak spoza strefy koncentracji nieprzyjacielskiej obrony powietrznej.
Po przeszkoleniu na lotnisku Grieslienen końcem czerwca samoloty III./KG 3 trafiły do Holandii, głównie na lotnisko Venlo. Pechowy okazał się krótki przystanek na lotnisku Plantlünne, na którym 20 lipca w wyniku ataku nieprzyjacielskiego lotnictwa jednostka straciła dziewięć He 111.
Nowym zadaniem jednostki było ostrzeliwanie terytorium Anglii, przy czym głównym celem był Londyn. Pociski V-1 o masie 2150 kg, o zasięgu 240 km, uzbrojone w potężną głowicę bojową o masie 850 kg, były wystrzeliwane znad Morza Północnego, co umożliwiało Niemcom poszerzenie strefy nadlatywania V-1 wynikającej z użycia do ich odpalania wyrzutni lądowych. Heinkle operowały w porze nocnej, w celu uniknięcia nocnych myśliwców, przenikając nad morze w locie na małej wysokości. Po osiągnięciu odległości 100–150 km od brytyjskiego wybrzeża przed odpaleniem pocisku załogi wznosiły się na wysokość niespełna 500 metrów, po czym, ponownie lecąc nad wodą, wracały do bazy.
Pierwszą taką operację przeprowadzono nocą z 3 na 4 lipca z udziałem 14 Heinkli. Do końca miesiąca niemiecka jednostka wystrzeliła z powietrza 277 V-1 przy stracie ośmiu He 111H-16. Nocą z 6 na 7 lipca dwie maszyny zderzyły się ze sobą na lotnisku Rosieres. Nocą z 10 na 11 lipca zaginęła załoga Uffz. Gerharda Alisha, a nocą z 21 na 22 w Holandii rozbił się samolot, w którym zginęła załoga Ltn. Ludwiga Schmalholza. Nocą z 26 na 27 lipca po zawadzeniu o maszt antenowy na lotnisku w Eindhoven zginęła załoga Uffz. Gunthera Rohne. Najtragiczniejsza okazała się noc z 28 na 29 lipca, kiedy we Francji rozbiły się Heinkle poległych załóg Uffz. Karla Schmidta, Uffz. Heinza Schmidta i Uffz. Gerda Schwärzela, a ponadto w czasie przymusowego lądowania w Amiens rozbił się samolot wracający z uszkodzeniami od ognia przeciwlotniczego (który najpewniej był przyczyną utraty także pozostałych maszyn), w którym zginął jeden lotnik. Wreszcie następnej nocy własna artyleria przeciwlotnicza zestrzeliła pomyłkowo samolot Uffz. Alfonsa Riegera, w którym zginęło dwóch członków załogi.
Do końca sierpnia wystrzelono 300 pocisków przeciwko Londynowi, 90 przeciwko Portsmouth oraz 20 na Gloucaster. W tym miesiącu stracono w wyniku wypadków trzy maszyny: nocą z 2 na 3 w czasie próby przymusowego lądowania z powodu pożaru na pokładzie w budynek fabryczny w Kortrijk uderzył samolot, w którym zginęła załoga Obfw. Friedricha Martina; nocą z 21 na 22 w czasie startu z lotniska Venlo rozbił się samolot, którego załoga ocalała; nocą z 30 na 31 z nieznanych przyczyn na terenie Holandii zginęła załoga Uffz. Lorenza Grubera.