Zadaniem eskadr towarzyszących przemianowanych w momencie sierpniowej mobilizacji na eskadry obserwacyjne było prowadzenie rozpoznania na rzecz jednostek wojsk lądowych na bliskim zapleczu frontu. Takie zadania właśnie w czasie bitwy granicznej na rzecz oddziałów Armii „Kraków” wykonywała 26. Eskadra Obserwacyjna. Powolne Lubliny R.XIII D były łatwym celem dla niemieckiej artylerii przeciwlotniczej oraz co gorsze dla własnych oddziałów piechoty, które strzelały do wszystkiego, co latało. Za zadania wykonywane podczas trzech pierwszych dni wojny lotnicy 26. Eskadry zapłacili wysoką cenę. W trakcie lotów zostało zestrzelonych pięć Lublinów R.XIII D, w ramach uzupełnień otrzymano dwa samoloty tego typu. Poległo czterech lotników, jeden dostał się do niewoli, dwóch zostało rannych.
Alarmowa mobilizacja rozpoczęła się w 26. Eskadrze Obserwacyjnej (dalej 26. EO) na macierzystym lotnisku Rakowice 24 sierpnia 1939 roku około godz. 4.00 rano. Podobnie jak w innych krakowskich eskadrach czynności mobilizacyjne zostały zapewne zakończone po kilku godzinach, ponieważ większość przygotowań wykonano w poprzednich tygodniach. Narzędzia pochowane w skrzyniach stały pod ścianami i w kątach hangarów, napełnione beczki z benzyną pomiędzy budynkami itd. Personel lotniczy i techniczny dostał zakaz opuszczania lotniska Rakowice. Oczekiwano na rozkaz opuszczenia macierzystej bazy. Tylko wąskie grono osób, m. in. dowódca 26. EO kpt. pil. Stanisław Rzepa, wiedziało, że jednostka ma zostać wcielona do Armii „Kraków”. Na rozkaz komendanta 2. Bazy Lotniczej w nocy z 26 na 27 sierpnia 1939 roku rzut kołowy eskadry pod dowództwem ppor. obs. Mieczysława Łapy wyruszył na lotnisko polowe Bieżanów (9 km na wschód od Krakowa). Siedem Lublinów R.XIII D i dwa łącznikowe RWD 8 wraz z załogami pozostały w Rakowicach. O świcie 31 sierpnia samoloty obu plutonów odleciały na wyznaczone lotniska polowe. I/26. Pluton oraz drużyna dowódcy eskadry ulokowała się na lotnisku Zarębica-Pyrzów (12 km na wschód od Częstochowy). „Ery” plutonu miały działać na rzecz 7. DP. Po wylądowaniu na tym lotnisku dowódca eskadry pojechał do dowództwa 7. DP po rozkazy oraz żeby uzgodnić warunki współpracy z oddziałami naziemnymi.