Przełom lat 80. i 90. był w Polsce czasem wielkiej zmiany ustrojowej. Choć w początkowym okresie nie miała ona większego wpływu na sprzęt lotniczy, podjęte decyzje dotyczące floty samolotów MiG-21 parę lat później miały dla niej katastrofalne skutki.
Na początku 1990 roku kontynuowano nasycanie samolotami MiG-21MF stanu 10. PLM w Łasku. 41. PLM z Malborka przekazał mu 9 stycznia samolot nr 7814, 19 stycznia – 9107, 10 lutego – 7810, 19 lutego – 7909, a 22 lutego – 6508, 7807, 7809, 7902, 8707, 9011 i 9112. Z kolei 2. PLM z Goleniowa oddał 24 stycznia egzemplarz nr 8012, 1 lutego – 8101, 12 lutego – 6507, 19 lutego – 6505, 6506, 7901, 7904, 8006, 8910 i 9102, a 22 lutego – 8907. Wrocławski 11. PLM przekazał do Łasku 11 stycznia maszynę nr 8002, a 30 stycznia do 62. PLM w Krzesinach nr 6515.
19 kwietnia 41. PLM przekazał do 11. PLM rzadko używany w Malborku egzemplarz nr 7489. 24 maja 45. LED z Modlina przekazała do 41. PLM samolot nr 6604, a 1 czerwca nr 7907. Z kolei malborska jednostka dwa dni później oddała do 10. PLM maszynę nr 6813. Sześć dni później 11. PLM przekazał do 10. PLM egzemplarz nr 6513. W lipcu 41. PLM przekazał do 10. PLM samolot nr 9202. Z kolei 14 sierpnia otrzymał z 2. PLM samolot nr 9115, a dziewięć dni później nr 6808. 24 września do Łasku trafił z 2. PLM samolot nr 8909, a 22 listopada z 41. PLM nr 6510.
W 1990 roku oddano na remonty w WZL-3 ograniczoną liczbę samolotów MiG-21MF. 29 kwietnia z 10. PLM przybył egzemplarz nr 9112, 10 sierpnia z 41. PLM – 7815, 12 września z 10. PLM – 6506, a 28 grudnia ponownie z Łasku maszyny nr 7807 i 7902.
Zaprzestanie kierowania na remonty MiG-ów-21MF serii 96A oraz 9600 było dla większości egzemplarzy wyrokiem, który prowadził do ich sukcesywnego spisywania ze stanów pułków i zdawania do przechowania w 51. Polowych Warsztatach Lotniczych (PWL) w Mierzęcicach lub złomowania. Na stan 51. PWL wpisano pierwsze samoloty wersji MF, które po odbyciu remontu głównego mogłyby nadal pełnić służbę liniową. Znamienne dla tego czasu było wycofanie z 62. PLM MiG-ów-21MF i przywrócenie po półtorarocznym postoju starszych maszyn wersji PFM.
16 stycznia 1991 roku oficjalnie wycofano z eksploatacji w 10. PLM samolot nr 6508, przekazując go do fizycznej kasacji w pułku. Dzień później 2. PLM wycofał z eksploatacji egzemplarz nr 8008, który kilka miesięcy później przeleciał do 51. PWL. 26 stycznia ze stanu 2. PLM wycofano nr 6602, który został przebazowany do Dęblina, gdzie został pomocą naukową. 11 lutego 41. PLM przekazał do poznańskiego pułku egzemplarz nr 9108.
1 marca w 11. PLM doszło do zderzenia dwóch maszyn podczas lotu w składzie klucza w trudnych warunkach atmosferycznych. Podczas zmiany szyku doszło do zderzenia maszyn zamykających szyk, pilotowanych przez kpt. pil. Bogdana Wójcika i por. pil. Zbigniewa Zawadę. Młody porucznik nie mógł ustabilizować swojej pozycji w szyku i opuścił go nie informując o tym kapitana. W chwili wyjścia z szyku samolot nr 7405 uderzył skrzydłem od dołu w maszynę nr 8015. Z powodu znacznych uszkodzeń oba MIG-i stały się niesterowne i piloci katapultowali się. Samoloty spadły w okolicach Tarnowskich Gór. Przyczyną wypadku było złe rozłożenie uwagi podczas lotu w chmurach i częściowa utrata orientacji w szyku, spowodowana złymi warunkami atmosferycznymi i niedoświadczeniem pilota.
Kolejne rotacje w czerwcu i lipcu były związane ze wspomnianym wycofaniem z 62. PLM samolotów w wersji MF. 7 czerwca poznański pułk przekazał do 11. PLM maszyny nr 6512, 8007 i 9012, a trzy dni później nr 6503 i 7914. Z kolei 21 czerwca do 2. PLM przekazano egzemplarz nr 6504, a 26 czerwca nr 6715. Tego samego dnia do 41. PLM oddano nr 7906. Trzy dni później do 51. PWL w Mierzęcicach odprowadzono maszynę nr 7909. 10 lipca do 45. LED przekazano nr 6510. 3 lipca do 10. PLM oddano samoloty nr 8003 i 8010, a 15 lipca nr 7913, 8001, 8002, 8004 i 8006. Tego samego dnia do 11. PLM przekazano nr 9108. 25 lipca do 11. PLM przekazano samoloty nr 6514 i 8015, a cztery dni później do Mierzęcic nr 6515. Ruchy między innymi jednostkami ograniczyły się do przekazania 12 lipca z 41. do 10. PLM maszyny nr 9010, którą wpisano na stan tego pułku dopiero 25 dni później.
21 czerwca do 10. PLM powrócił po remoncie samolot nr 6506. Z kolei 1 sierpnia do 41. PLM wróciły wyremontowane maszyny nr 7807, 7815 i 7902. Pułk zdał ze stanu egzemplarz nr 6604, który trafił do Mierzęcic. 10 września malborska jednostka przekazała do remontu samolot nr 8702, a 29 września wycofała do Mierzęcic nr 7903.
17 października 10. PLM oddal na remont samolot nr 6505, podczas gdy do Mierzęcic wycofał nr 6507 i 6513, a 8 listopada także 7810. 6 listopada 41. PLM odebrał z Dęblina wyremontowany samolot nr 9112. Z kolei 28 listopada 2. PLM oddał na remont nr 6715. Następnego dnia dęblińskie zakłady przekazały niedawno otrzymany egzemplarz nr 6505 jako pomoc dydaktyczną do ośrodka badawczego w Puławach.
W 1992 roku główne zmiany związane z dyslokacją sprzętu dotyczyły jego wycofywania oraz przekazywania na remont. 10 lutego 10. PLM przekazał do Mierzęcic samolot nr 7901. Dwa dni później z 41. do 10. PLM trafił nr 6808, a nr 7907 oddano na remont do Dęblina. 5 marca 11. PLM przekazał do bazy w Mierzęcicach maszynę nr 7914, którą wpisano na stan 51. PWL dopiero 29 maja. 7 maja do 41. PLM wrócił z remontu samolot nr 8702. Z kolei 11 maja 10. PLM przekazał na remont egzemplarz nr 9011. Następnego dnia 2. PLM oddał do 41. PLM maszynę nr 6504.
19 czerwca 41. PLM utracił samolot nr 7807. Mjr pil. Ryszard Nowak zapomniał wypuścić podwozie podczas lądowania na lotnisku w Malborku. Niestety także kierownik lotów nie zauważył tego faktu, podobnie jak „finiszer”, którego jest to obowiązkiem. Samolot przyziemił prawidłowo, mocno uderzając przednią częścią kadłuba o betonowy pas i po przebyciu prawie 600 metrów zatrzymał się. Pilot opuścił maszynę o własnych siłach. Po trzech minutach na miejsce zdarzenia przybyła lotniskowa straż pożarna i służby ratownicze. Pas startowy został zablokowany. Komisja badająca przyczyny zdarzenia w obecności techników podniosła samolot na pompowanych balonach, które umieszczono pod skrzydłami i przednią częścią kadłuba. Następnie z kabiny pilota wypuszczono podwozie systemem zasadniczym, co potwierdziło błąd pilota. Dziesięć miesięcy wcześniej samolot przeszedł remont główny, lecz z powodu znacznych uszkodzeń 14 grudnia 1993 roku został wycofany ze służby z nalotem 1175,02 godz.
16 lipca 11. PLM przekazał do Mierzęcic samolot nr 6503, a pięć dni później nr 6512. 7 sierpnia ten sam pułk skierował na remont egzemplarz nr 8015. Na początku września 10. PLM przekazał do wycofania samolot nr 6813, który dwa lata później został ocalony od pocięcia i ustawiony w porcie lotniczym w Pyrzowicach z fikcyjnym numerem 1994. 21 września pułk z Łasku oddał na remont maszynę nr 9107, a dwa dni później pułk z Malborka przekazał do remontu głównego nr 6814.
5 listopada 11. PLM oddał na remont nr 9012, cztery dni później odebrał z Dęblina nr 6715, a 20 listopada przekazał do 2. PLM wypożyczony w czerwcu nr 6504. Cztery dni później ze stanu 10. PLM spisano samoloty nr 8001 i 8008, które wpisano na stan bazy w Mierzęcicach. Ten pierwszy nie został fizycznie przekazany do 51. PWL, ale został złomowany siłami łaskiej jednostki. Z kolei nr 8008 w listopadzie 1993 roku został sprzedany do Australii. O ile dziesięcioletni resurs kalendarzowy pomiędzy remontami został osiągnięty, to pozostały resurs godzinowy wynosił 167 h. Pierwotnie maszyna była przeznaczona do latania, ostatecznie jednak nie udało się jej przywrócić do stanu lotnego.